Η βασική διαφορά είναι ότι το κλασικό pilates απευθύνεται σε υγιή πληθυσμό, ενώ το clinical pilates απευθύνεται σε άτομα που έχουν κάποια παθολογία, η οποία τους δημιουργεί περιορισμό στην κίνηση.

Οι ασκήσεις του clinical pilates εκτελούνται υπό την επίβλεψη πιστοποιημένου φυσικοθεραπευτή με εξειδίκευση στη μέθοδο pilates. Ο φυσικοθεραπευτής με βαθιά γνώση της ανατομίας, της παθολογίας καθώς και των μηχανισμών επούλωσης του οργανισμού, είναι σε θέση να δημιουργήσει ένα απολύτως εξειδικευμένο πρόγραμμα ασκήσεων με βάση τις ανάγκες του ασκούμενου.

Στην πρώτη συνεδρία γίνεται μια ενδελεχής αξιολόγηση του ασθενή και θέτονται οι θεραπευτικοί στόχοι με βάση την εκάστοτε παθολογία. Αυτό είναι το πιο σημαντικό στάδιο είτε πρόκειται για τραυματισμένο επαγγελματία αθλητή που επιθυμεί να επιστρέψει στο άθλημα του, είτε για άτομο τρίτης ηλικίας με οστεοπόρωση. Όλες οι ασκήσεις προσαρμόζονται αναλόγως, για την αποφυγή περαιτέρω τραυματισμού και ο ασκούμενος γυμνάζεται με ασφάλεια.